Муниципальное бюджетное учреждение города Новосибирска «Центр психолого-педагогической, медицинской и социальной помощи детям «Магистр» был создан на основании постановления мэра города Новосибирска от 02.11.1995 № 1054 «Об открытии муниципального городского центра «Магистр».

Уже много лет центр психолого-педагогической, медицинской и социальной помощи детям «Магистр», возглавляемый доктором медицинских наук, профессором, Отличником здравоохранения, Почётным работником общего образования РФ Ниной Александровной Скляновой, работает на благо муниципальной системы образования города Новосибирска.

Сотрудники «Магистра» гордятся тем, что у истоков центра стояли крупные российские ученые — академик Влаиль Петрович Казначеев, профессор Цезарь Петрович Короленко, а также представители крупных НИИ и ВУЗов.

Руководителями и сотрудниками структурных подразделений в разные периоды становления и развития «Магистра» были лучшие практики региона: Ольга Ивановна Черемисина (руководитель лаборатории дошкольного здоровья), Ирина Ивановна Барсукова (врач-педиатр лаборатории дошкольного здоровья), Александр Иванович Мочалов (руководитель лаборатории профилактики социогенных заболеваний среди детей и подростков), Елена Владимировна Кушнеренко (руководитель службы практической психологии), Лариса Владимировна Аверьянова (специалист службы практической психологии), Лариса Яковлевна Петрова (руководитель первого состава ПМПК) и  многие другие.

Меняется жизнь, происходят изменения в социокультурной и социопедагогической ситуации нашего города. Анализируя происходящие изменения, новые тенденции в развитии образования, «Магистр» стремится соответствовать вызовам времени, двигаясь вперед: открываются новые структурные подразделения, разрабатываются современные подходы, технологии, проекты, обеспечивающие повышение доступности и качества образования.

История ГЦОиЗ «Магистр» теснейшим образом связана с историей муниципальной системы образования города Новосибирска, с её потребностями и запросами.

В 1996 году в составе «Магистра» начала свою работу городская (ныне — территориальная) психолого-медико-педагогическая комиссия.

В 1998 году началась системная работа по профилактике девиантного поведения несовершеннолетних. Сегодня это одно из приоритетных направлений деятельности «Магистра».

В 2000 году в целях создания здоровьесберегающей среды в детских садах города организована лаборатория дошкольного здоровья.

В 2005 году открыта служба практической психологии, деятельность которой направлена в первую очередь на повышение эффективности психолого-педагогического сопровождения участников образовательных отношений.

В октябре 2006 года с целью оздоровления и реабилитации работников образования, профилактики синдрома эмоционального выгорания педагогов и руководителей открыто оздоровительно-реабилитационное отделение центра «Магистр». во главе с врачом-педиатром высшей квалификационной категории Татьяной Николаевной Яковлевой. Отделение принимало работников образования, в том числе с детьми с четырёхлетнего возраста, учащихся общеобразовательных школ, ветеранов системы образования. Эффективность оздоровления составляла 98% - 99%. В 2018 году отделение передано в ведение департамента по социальной политике.

В 2008 году под руководством кандидата медицинских наук, доцента Елены Брониславовны Лейтан была организована лаборатория «Питание и здоровье детей и подростков».

В 2017 году начал работу отдел ранней помощи, что стало знаменательным событием для всей системы образования Новосибирска.

В 2019 году в «Магистре» открыты лаборатория инклюзивного образования и лаборатория кризисной психологии.

Современный «Магистр» — это творческий, высокопрофессиональный коллектив, объединяющий педагогов, психологов, врачей. В настоящее время в МБУ ДПО «ГЦОиЗ «Магистр» функционируют следующие службы, отделы и лаборатории:

• Территориальная психолого-медико-педагогическая комиссия под руководством Ирины Станиславовны Субботиной.
• Отдел практической психологии (до 2018 года «Служба практической психологии»). Руководитель — Татьяна Геннадьевна Беляева.
• Отдел психолого-педагогического сопровождения инклюзивного образования. Руководитель – Екатерина Петровна Фур.
• Отдел ранней помощи, оказывающий помощь семьям с детьми от 0 до 3(4) лет. Руководитель — Евгения Петровна Новикова.
• Отдел кризисной психологии. Руководитель - Мария Александровна Гладких.
• Отдел "Городская служба медиации (примирения)". Руководитель - Юлия Михайловна Кузьмина.
• Служба психолого-педагогического сопровождения под руководством Татьяны Дмитриевны Яковенко.

Обучая педагогов на курсах повышения квалификации, семинарах, тренингах, повышая компетентность родителей на консультациях, встречах в родительских клубах, сотрудники центра заботятся о создании безопасной, здоровьесберегающей среды для ребёнка в семье и в образовательном учреждении.