Муниципальное бюджетное учреждение дополнительного профессионального образования города Новосибирска «Городской центр образования и здоровья «Магистр» был создан на основании постановления мэра города Новосибирска от 02.11.1995 № 1054 «Об открытии муниципального городского центра «Магистр».

Уже много лет городской центр образования и здоровья «Магистр», возглавляемый доктором медицинских наук, профессором, Отличником здравоохранения, Почётным работником общего образования РФ Ниной Александровной Скляновой, работает на благо муниципальной системы образования города Новосибирска.

Сотрудники «Магистра» гордятся тем, что у истоков центра стояли крупные российские ученые — академик Влаиль Петрович Казначеев, профессор Цезарь Петрович Короленко, а также представители крупных НИИ и ВУЗов.

Руководителями и сотрудниками структурных подразделений в разные периоды становления и развития «Магистра» были лучшие практики региона: Ольга Ивановна Черемисина (руководитель лаборатории дошкольного здоровья), Ирина Ивановна Барсукова (врач-педиатр лаборатории дошкольного здоровья), Александр Иванович Мочалов (руководитель лаборатории профилактики социогенных заболеваний среди детей и подростков), Елена Владимировна Кушнеренко (руководитель службы практической психологии), Лариса Владимировна Аверьянова (специалист службы практической психологии), Лариса Яковлевна Петрова (руководитель первого состава ПМПК) и  многие другие.

Меняется жизнь, происходят изменения в социокультурной и социопедагогической ситуации нашего города. Анализируя происходящие изменения, новые тенденции в развитии образования, «Магистр» стремится соответствовать вызовам времени, двигаясь вперед: открываются новые структурные подразделения, разрабатываются современные подходы, технологии, проекты, обеспечивающие повышение доступности и качества образования.

История ГЦОиЗ «Магистр» теснейшим образом связана с историей муниципальной системы образования города Новосибирска, с её потребностями и запросами.

В 1996 году в составе «Магистра» начала свою работу городская (ныне — территориальная) психолого-медико-педагогическая комиссия.

В 1998 году началась системная работа по профилактике девиантного поведения несовершеннолетних. Сегодня это одно из приоритетных направлений деятельности «Магистра».

В 2000 году в целях создания здоровьесберегающей среды в детских садах города организована лаборатория дошкольного здоровья.

В 2005 году открыта служба практической психологии, деятельность которой направлена в первую очередь на повышение эффективности психолого-педагогического сопровождения участников образовательных отношений.

В октябре 2006 года с целью оздоровления и реабилитации работников образования, профилактики синдрома эмоционального выгорания педагогов и руководителей открыто оздоровительно-реабилитационное отделение ГЦОиЗ «Магистр» во главе с врачом-педиатром высшей квалификационной категории Татьяной Николаевной Яковлевой. Отделение принимало работников образования, в том числе с детьми с четырёхлетнего возраста, учащихся общеобразовательных школ, ветеранов системы образования. Эффективность оздоровления составляла 98% - 99%. В 2018 году отделение передано в ведение департамента по социальной политике.

В 2008 году под руководством кандидата медицинских наук, доцента Елены Брониславовны Лейтан была организована лаборатория «Питание и здоровье детей и подростков».

В 2017 году начал работу отдел ранней помощи, что стало знаменательным событием для всей системы образования Новосибирска.

В 2019 году в «Магистре» открыты лаборатория инклюзивного образования и лаборатория кризисной психологии.

Современный «Магистр» — это творческий, высокопрофессиональный коллектив, объединяющий педагогов, психологов, врачей. В настоящее время в МБУ ДПО «ГЦОиЗ «Магистр» функционируют следующие службы, отделы и лаборатории:

• Территориальная психолого-медико-педагогическая комиссия под руководством Ирины Станиславовны Субботиной.
• Отдел практической психологии (до 2018 года «Служба практической психологии»). Руководитель — Татьяна Геннадьевна Беляева.
• Отдел психолого-педагогического сопровождения инклюзивного образования. Руководитель – Екатерина Петровна Фур.
• Отдел ранней помощи, оказывающий помощь семьям с детьми от 0 до 3(4) лет. Руководитель — Евгения Петровна Новикова.
• Отдел кризисной психологии. Руководитель - Мария Александровна Гладких.
• Отдел "Городская служба медиации (примирения)". Руководитель - Юлия Михайловна Кузьмина.
• Служба психолого-педагогического сопровождения под руководством Татьяны Дмитриевны Яковенко.

Обучая педагогов на курсах повышения квалификации, семинарах, тренингах, повышая компетентность родителей на консультациях, встречах в родительских клубах, сотрудники центра заботятся о создании безопасной, здоровьесберегающей среды для ребёнка в семье и в образовательном учреждении.